Dominantním úkolem celého Patočkova filosofického života je program, který před filosofii položil zakladatel fenomenologie Edmund Husserl, totiž analýzu „přirozeného světa“, neboli „světa našeho života“. „Moderní člověk žije ve dvojím světě, nemá jednotný názor na svět: na jedné straně pobývá ve svém přirozeném světě, na druhé ve světě, který pro něho vytvořila moderní přírodověda, ve světě jí rekonstruovaném. Jak dosáhnout jednoty světa každodennosti a světa vědy, jak obnovit celek světa? [...] K problému přirozeného světa se pak Patočka neustále vrací a v nových variacích prohlubuje svou původně položenou otázku.“¹

Druhé téma Patočkovy filosofie je sókratovské. „Filosofie se zabývá tím, co souvisí s osudem člověka a tedy lidské duše vůbec, filosofie je ve své nejvlastnější podobě a nejvlastnějším živlu starost o duši. [...] Duše nás vysílá hledat dobro a rozumovou jasnost o všem, o čem člověk přemýšlí a co činí, duše nám dává odpověď, proč volit dobro a nikoli zlo, proč pravdu a nikoli zdání. Starost o duši přivádí nás do života v pravdě. V sókratovském smyslu ovšem lidé nahlédnuvší do vlastní duše nemohou se starat pouze o ni samu, ale musí jít dále, musí nasměrovat své duše ke společnému celku, k působení na věci společné, starost o obec pokládat jako nejvyšší službu, které se duši dostalo. Péče o duši vede tak k péči o obec při přetváření ² věcí obecných“.³

„Moderní člověk nemá jednotný názor světa - tak začíná Jan Patočka své téma: Moderní člověk žije ve dvojím světě, ve svém přirozeně daném okolí a světě, který pro něj vytváří moderní přírodověda, založená na ‚matematické zákonitosti přírodní‘ Nejednota, která tím prostoupila celý náš život, je hlavním zdrojem krize, kterou procházíme. Ztratili jsme jednotný náhled na skutečnost, postrádáme celkový vztah k ní. Náš obraz světa je vždy fragmentální, vědy ho rozbily do částí. Antický a středověký člověk, píše Patočka, přemýšleje teoreticky o světě, nepochyboval, že jeho myšlenka se týká principiálně téhož souboru věcí, který mu byl přítomen při prožívání smyslovém, naivním, teoreticky nezprostředkovaném. My samy této jistoty nemáme.“ (J. Patočka, Přirozený svět jako filosofický problém, Praha 1936, str. 9)⁴

„Přírodovědecká revoluce vycházejíc z požadavku jistého, přísně kontrolovatelného, objektivního, přesného poznání, z ‚jasných a zřetelných ideí‘, vyvolala paradoxní zmatek. Jejím působením se⁵ octl člověk ve dvojím světě: v jednom, v němž myslí, v druhém, v němž žije. Jeho roztříštěné vědomí se potácí od naivního světa každodenní zkušenosti, každodenní praxe k vědeckému a naopak, odbývaje svou nešťastnou existenci mezi těmito pozicemi, žitými jako protiklady.“ (Tamtéž str. 15)⁶

„Zatímco před Husserlem se zdál idealismus, zvlášť jako novokantovský kriticismus, spojen nerozlučně s obrazem světa moderní matematické přírodovědy, ukázala Husserlova fenomenologie, že svět jako konkrétně se ukazující univerzum jsoucna je zakotven vždy v předvědeckém životě a je původně korelátem tohoto předteoretického života. (...) Tak byl v naivním, přirozeném způsobu, jak se nám svět podává, jak se ‚jeví‘, objeven v hloubce jiný, ‚čistý fenomén‘, který teprve fenomenologie přivádí na světlo, zatímco v běžném, k realitě věcí zaměřeném postoji zůstává nezbytně skryt. (...) Přirozený svět, svět lidského života, dá se však pojmout jen jako celek podstatných způsobů lidského chování, jejich předpokladů a sedimentů. Jako svět člověka je světem fenoménů v uvedeném smyslu (nikoli jako subjektivních, nýbrž jako odhalení jsoucen a bytí) a potud přístupný pouze otevřenému chování. Otevřené chování však, jsouc odkázáno na fenomény, je časově-historické povahy: je vždy v pohybu, přicházejícím z temna a ústícím do temna skrytosti, a rozpadá se co do smyslu v různé pohyby částečné. Pouze jeden z nich je zaměřen na téma otevřenost, zjevnost, odhalování a jeho tradice. (...) O přirozeném světě by se však dalo mluvit též v poněkud jiném smyslu - kdybychom jím rozuměli svět před objevením jeho problematičnosti. Svět bez problematičnosti je takový, kde skrytost jako taková není zakoušena. TJ. ne že by tento svět neměl a neznal tajné věci, posvátno, tajemno, toho naopak v něm může být plno a může v něm hrát roli rozhodující - ale onu zkušenost přechodu, vycházení jsoucna jako fenoménu z temna do otevřena, v němž se objevuje samo i to, co nechává objevovat se jsoucno, a dává otázkám po jsoucím teprve půdu pod nohy. Neboť teprve objevené bytí jsoucího dává míru toho, co jest a co není, dovoluje výslovně něčím zjevným a pevným určovat, co jest.

Svět před problematičností je rovněž svět daného, sice skromného, ale spolehlivého smyslu. Má smysl, tj. srozumitelnost, tím, že existují moci, démonično, bohové, kteří stojí nad člověkem, vládnou a rozhodují o něm. Není to člověk, který stojí v centru a o kterého běží. Teprve vzhledem k tomuto vyššímu dostává člověk své místo, dostává je však a spokojuje se s ním. Co člověka takto zařazuje, je ve světě rozhodující a určuje jeho osud i konání. (...) Že věci se jeví jinak, než jsou, spočívá v tom, že se ukazují vždy jednostranně, v distanci, v perspektivě, a následkem toho mohou přijímat vzezření společné jim s jinými. Že my sami se jevíme sobě jinak, než jsme, musí však spočívat na jiném základě. Sobě sám není člověk cizí, jako je mu cizí věc a její způsob být: člověk je sám sebou. Má-li se sobě jevit jinak, musí se sobě odcizit, a toto odcizování musí náležet k němu, být založeno v jeho vlastním způsobu, jak být. Člověk je tedy tak, že odcizování je mu nějak ‚milejší, přirozenější‘ než vlastní bytí. Vlastní bytí není nikdy samozřejmé, nýbrž vždy výkon. V tomto smyslu lze však říci, že nakonec i odcizování je výkon, je to ‚ulehčení‘, je to nikoli ‚přirozená‘ lehkost, nýbrž výsledek jistého ‚aktu‘. (...)

Pravé-nepravé tkví v tom, že na vlastním bytí nemůžeme nebýt interesováni: vlastní odpovědností jsme vždy zaujati, zabráni: je o nás rozhodnuto dříve, než jsme ‚se rozhodli‘. Pravé, vlastní bytí spočívá však v tom, že jsme s to vše, co jest, nechávat být tak, že jest a jak jest, nekomolit je, neupírat mu jeho bytí a jeho povahu.“⁷

(Kacířské eseje o filozofii dějin)